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    不杀死细胞就能了解它的“前世今生”,深圳科学家成功实现活细胞转录组测序

    2022-08-18 15:20 来源:大洋网

    在我们呱呱坠地之前,受精卵是如何发育成复杂个体的?为何正常的细胞会慢慢变成癌细胞?

    细胞是生命的基本单位,了解它的过去、现在和未来不仅有助于我们了解正常发育的过程,也对理解疾病的产生和发展至关重要。然而,想要“看清”细胞的“前世今生”仍然存在显著的技术困难。

    8月17日,现任中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所研究员(原瑞士洛桑联邦理工学院博士后)陈万泽以共同第一作者身份在国际顶级期刊Nature上发表长文,介绍了研究团队在国际首创的活细胞转录组测序技术(Live-seq),该技术首次让单细胞进行转录测序后,依然能保持细胞存活,首次实现了活细胞全基因表达的连续观测。

    “该研究实现了使用Live-seq技术对同一个活细胞多次分离部分细胞质进行多次转录组测序的可行性,表明这一技术有望在将来用于构建单个活细胞的转录组系列变化动态。该研究为单细胞转录组测序提供了全新的研究策略,为我们理解生命过程的动态变化提供了强有力的手段,是这一领域的又一重大突破。” 北京大学生命科学学院教授汤富酬评论道。

    不杀死细胞就能测序

    人类体内的细胞拥有几乎一样的基因组,但是为什么能够产生多种多样的细胞?基因组中数万个的基因表达与否和高低,很大程度上决定了细胞的种类和功能,比如神经细胞、免疫细胞、各种肿瘤细胞等等。

    因此,如果知道细胞不同时间的基因表达的变化,就能够了解细胞的过去、现在和未来。

    当前,单细胞转录组测序技术是了解细胞状态的重要手段,就像看一张“高清照片”,通过单细胞测序能够看清细胞现在所有基因的表达状态。但是这些技术在理解细胞状态“电影”般的动态变化上却有很大的挑战。

    “利用单细胞转录组测序技术来观测细胞状态的前提,是需要将细胞裂解,提取其中的RNA来测定每个基因表达量的高低,但这样就不能避免地杀死了细胞。”陈万泽说道,“使用单细胞测序技术,也只能了解到一个细胞当下的状态,却不能获得它的过去,也无法知晓它将来的功能。”

    通过近七年的努力,陈万泽与合作者开发了活细胞转录组测序技术Live-seq,其核心是通过对活细胞中的部分细胞质进行微创提取,并对极其微量的细胞质RNA进行扩增,实现在进行单细胞转录组测序后,依旧保持细胞的存活和功能,从而可以跟踪细胞的动态变化。

    论文通讯作者、瑞士洛桑联邦理工学院教授Bart Deplancke表示,该技术兼具全基因表达分辨率和动态解析能力,是目前对单细胞转录组直接动态测量、偶联细胞现有状态和其后续表型的唯一解决方案。

    两次碰壁,终于“钓”出RNA

    如何在不杀死细胞的前提下,看到细胞的动态变化?

    “我们首先想到的是外泌体,它是细胞向外面吐出来的小泡,里面有蛋白、RNA等物质。如果我们把单个细胞的外泌体都收集起来,再对其中的RNA进行测量,或许就可以在一定程度上反映细胞状态而又不杀死细胞。”陈万泽说道。

    单个细胞中仅有10 pg(皮克)的RNA,这相当于一克的一千亿分之一的重量,而细胞分泌的外泌体中的RNA更是少之又少。研究团队一开始根本无法实现单细胞分子水平的观测。

    随后,陈万泽尝试利用在生命科学领域非常小众的原子力显微镜,它有一个很尖的硅探针,多用来检测物质表面性质。研究团队通过对探针进行表面活化、修饰、洗脱等改造后,让其能够把细胞中的RNA“钓”出来。

    “这种探针很细,对细胞的损伤很小,就像‘鱼钩’一样,改造后可以把细胞中的RNA‘钓’出来,又能保证细胞继续存活。我们改造了数十个探针后,结果只在两个细胞上成功“钓”到了基因。”陈万泽回忆道,当时购买一个原子力显微镜探针需要800美元,研究成本太高,成功率太低,让这项研究再次面临阻碍。

    在一次偶然的学术交流中,陈万泽与导师了解到,瑞士苏黎世联邦理工学院的Julia Vorholt实验室开发了一种特殊的原子力显微镜,能够吸出一部分的细胞质。一番交流后,两个课题组一拍即合,展开了联合攻关。联合团队利用重新改造后的Live-seq,对五种类型共295个细胞进行了测序,发现Live-seq能够有效区分不同类型的细胞,且平均每个细胞能检测到约4112个基因的表达信息。

    细胞测序史从“高清图片”到“高清电影”的跨越

    如果将利用单细胞转录组测序技术观测细胞比喻为看一张细胞在分子水平的高清图片,那么利用Live-seq观测细胞,就好比看一部高清电影,能够看见细胞的“前世今生”。

    “Live-seq可以回答细胞怎样的过去决定了它的现在,不只知道细胞中为何存在差异,还知道这些差异从何而来。”陈万泽介绍道。

    陈万泽表示,尽管Live-seq仍然存在诸多挑战,需要进一步完善,比如低通量、暂不能在体内应用、在高度极化且mRNA分布不均的细胞中无法实现全细胞转录组测序、对细胞更多次的采样还需进一步研究等,但该技术首次实现了活细胞连续观测,也为单细胞测序技术发展带来了更多可能性。未来,团队将进一步进行深入研究,提高Live-seq技术的可用性。

    文、图/广州日报·新花城记者王纳

    图片由研究团队提供

    [ 编辑: 何雯飔 ]
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    以自然之道养万物之生,生态环境形成了多姿多彩的生命互动,你有注意到过珠江公园的昆虫世界吗? [详细]
    19:08 广州市青年文化宫2022年秋季班9月1日起开课
    广州市青年文化宫2022年秋季班9月1日起开课
    广州市青年文化宫发布通知,2022年秋季班于9月1日—4日陆续开课,开设美术、舞蹈、音乐、科普、跆拳道、体适能、街舞等课程。上课地点为北京路312号广州市青年文化宫。 [详细]
    15:59 未来已来,希望在望!广州设计之都8月31日开园
    未来已来,希望在望!广州设计之都8月31日开园
    2019年6月,500亩的广州设计之都核心区全面动工建设。如今,超甲写字楼、设计总部大楼、高端商业体拔地而起,一个设计产业国际品牌集聚的产业高地强势崛起。 [详细]
    14:55 广州或受“轩岚诺”外围下沉气流影响 但不会很强烈
    广州或受“轩岚诺”外围下沉气流影响 但不会很强烈
    今年第11号台风“轩岚诺”今天加强为超强台风,这是今年第一个超强台风。“轩岚诺”将在明天夜间开始影响我国东部海域,对广州也有一定影响。 [详细]
    13:23 海珠区:8月30日14时起全区启动全员核酸检测
    海珠区:8月30日14时起全区启动全员核酸检测
    8月30日,我区在常态化核酸筛查中发现核酸检测异常情况。根据疫情防控工作需要,现定于2022年8月30日14时起在全区范围内启动全员核酸检测工作。 [详细]
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